Не, 1 ом нельзя менять. Этот 1 ом используется в расчетах (оно ж стоИт последовательно с измеряемой емкостью)
Я так понимаю, что программу у контроллера менять надо.
Вместо диодов можно супрессор (разговор об этом уже был), но все же намного приятнее когда защита "умная", то есть нет "элементов-камикадзе", которые ценой своей жизни спасают девайс. Да и как вольтмер можно будет использовать (до 30В), тоже еще одна полезность.
Можно и супрессор. Если он дешевле, выдержит 150 ампер и напряжение работы у него будет низкое. Из того, что нашел, самый малый на 5в. А это значит, что полевик будет сгорать чуток раньше...
Имхо оставить как было (с реле) и с управлением полностью от контроллера. ПЛЮС супрессор по входу, ну и можно до кучи PTC последовательно с 5-ваттным резистором (если какой чудак на 10 минут в сеть сунет) 
Это правильный ход, только стоимость этих решений на порядок разниться по трудозатратам и питанию.
Поправить схему с использованием камикадзе, это то, что сделать сейчас очень просто и позволит сохранить при неправильном подключении массу элементов. В принципе, это может сделать любой самостоятельно.
Я бы предложил выпустить версию 4.1 с такими доработками и спокойно разрабатывать версию с "вечной" защитой.
Статистика отказов и трудозатрат по новой версии, позволит точно определить, нужно ли народу такое решение или достаточно того, что есть. («нужно народу», надо понимать как готовы ли за него платить)
Еще можно добавить на DIP панельку "элементы-камикадзе", так, чтобы любой без паяльника мог восстановить работу прибора.
Так сделано в мультиметрах, меняй предохранитель и работай дальше, если вместо тока, напряжение мерить стал.
Еще Админ сказал вчера мудрое слово "поляризованное реле" ! Как вариант для снижения потребления. Буду пдфки курить...
Таких габаритов!?
Может и найдется, хотя... Можно сделать двухступенчатое включение реле, короткий импульс максимального тока на запуск и потом его поддержка более слабым током, до окончания измерений.
